独自のCGI/PHP/Rubyなどを動かすことは可能ですか？

動かせません。
独自のCGI/PHP/Rubyなどを動かしたい場合は別途サーバをご用意いただき、そちらで動作させていただく必要があります。

ただし、RCMSのカスタマイズは承っておりますので、不足している機能の追加などお気軽にお問い合せください。
機能の追加/カスタマイズのお問い合せは「見積もりのご依頼」フォームよりお願いいたします。